PDF kann verschiedene Dokumenteinschränkungen enthalten, die individuell erlaubt oder verboten werden können (manche Einstellungen hängen jedoch von anderen ab):

Drucken: Wenn das Drucken nicht erlaubt ist, wird die Schaltfläche fürs Drucken in Acrobat deaktiviert. Acrobat kann zwischen hochauflösendem und niedrigauflösendem Druck unterscheiden. Niedrigauflösender Druck erzeugt ein gepixeltes Abbild der Seite, das sich für private Zwecke eignet, verhindert aber hochqualitativen Druck und ein erneutes Distillen. Zu beachten ist, dass der Druck der Bitmap nicht nur eine niedrige Ausgabequalität erzeugt sondern auch den Ausgabeprozess erheblich verlangsamt. 

Ändern des Dokuments: ist diese Einstellung deaktiviert, ist jegliche Modifikation des Dokuments verboten. Inhalte dürfen jedoch extrahiert werden und der Druck ist erlaubt.

Kopieren von Inhalt: Ist diese Einstellung deaktiviert, ist es verboten, Inhalte zu selektieren und zu kopieren, um sie wieder zu verwerten. Das Interface für die Barrierefreiheit ist ebenfalls deaktiviert. Müssen Sie solche Dokumente mit Acrobat durchsuchen, müssen Sie die Voreinstellung "Nur zertifizierte Zusatzmodule verwenden" in Acrobat auswählen.

Bearbeiten von Kommentaren und Formularfeldern: Ist dies deaktiviert, ist das Hinzufügen, Bearbeiten oder Löschen von Kommentaren und Formularfeldern verboten. Vorhandene Formularfelder dürfen jedoch ausgefüllt werden. 

Formularfelder ausfüllen und unterschreiben: Ist dies aktiviert, können die Anwender zwar Formulare ausfüllen, aber keine Formularfelder erstellen. 

Kopieren von Inhalt für Barrierefreiheit: Erlaubt Software für die Barrierefreiheit (wie etwa Bildschirmlesehilfen für Sehbehinderte) auf die Inhalte des Dokuments zuzugreifen. Diese Einstellung wird in PDF 2.0 hinfällig sein. Die Inhaltsextraktion für die Barrierefreiheit basiert auf den Einstellungen für das Kopieren und Extrahieren von Inhalten.

Dokumentzusammenstellung: Ist dies deaktiviert, ist das Einfügen, Löschen oder Rotieren von Seiten sowie das Erstellen von Lesezeichen und Seitenminiaturen verboten.

Werden Zugangsbeschränkungen für ein Dokument spezifiziert, wie etwa das Verbot des Druckens, deaktivieren diese Beschränkungen die entsprechenden Funktionen in Acrobat. Allerdings muss das nicht notwendigerweise auch für PDF-Viewer oder andere Software von Drittherstellern zutreffen. Es bleibt dem Entwickler der PDF-Werkzeuge überlassen, ob er Zugangsbeschränkungen beachtet oder nicht. Tatsächlich sind einige PDF-Werkzeuge dafür bekannt, dass sie diese Einstellungen komplett ignorieren. Kommerziell erhältliche PDF-Cracking-Software kann dazu benutzt werden, alle Zugangsbeschränkungen aufzuheben. Das hat nichts damit zu tun, dass hier die Verschlüsselung geknackt wird. Es gibt einfach keinen Weg für ein PDF sicherzustellen, dass es nicht gedruckt werden kann, während es andererseits ohne Angabe eines Kennworts angezeigt werden soll. In ISO 32000-1 wird das wie folgt beschrieben:

»Ist ein Dokument einmal erfolgreich geöffnet und entschlüsselt worden, hat ein standardkonformer Reader technisch Zugriff auf den gesamten Inhalt des Dokuments. In der PDF-Verschlüsselung ist nichts enthalten, was die Einhaltung der Dokumenteinschränkungen, die im Encryption-Dictionary spezifiziert sind, erzwingen kann.«

Standardmäßig betrifft die Verschlüsselung immer alle Komponenten eines Dokuments. Es gibt jedoch Situationen, in denen es wünschenswert ist, nur manche Komponenten des Dokuments zu verschlüsseln, andere hingegen nicht:

PDF 1.5 (Acrobat 6) führte eine Funktion für unverschlüsselte Metadaten ein. Damit können verschlüsselte Dokumente unverschlüsselte XMP-Metadaten enthalten. Das kommt Suchmaschinen zugute, die so auch die Metadaten verschlüsselter Dokumente auswerten können.

Seit PDF 1.6 (Acrobat 7) können Dateianhänge auch in unverschlüsselten Dokumenten verschlüsselt werden. Auf diese Weise kann ein ungeschütztes Dokument als Container für vertrauliche Dokumente genutzt werden.